このカスタマイズも小粋空間さんでお世話になりました。
詳細はサイドメニューのツリー化スクリプト（改）を参照してください。
ただ、Monthly Archivesはこの作業だけでは他と同じようなきれいな（？）ツリーにはなりません。
Monthly Archivesをツリー化するには、月別アーカイブリストのツリー化 for Movable Typeを合わせて参照します。

全てがきれいなツリーになって、(ノ´▽｀)ノオオオオッ♪すばらしい！